Tồn tại các tranh luận không quá sôi nổi song dai dẳng về việc có nên loại bỏ Hiệu kỳ Liên hiệp khỏi góc phía trên bên trái của Quốc kỳ hay không.[86] Tranh luận này bùng lên trong một số dịp, như giai đoạn ngay trước kỷ niệm 200 năm nước Úc vào 1988, và cũng trong nhiệm kỳ Thủ tướng của Paul Keating,[86] người công khai ủng hộ một cải biến trong quốc kỳ và được trích dẫn nói rằng:

Tôi không tin rằng các biểu tượng và biểu hiện của chủ quyền đầy đủ của tính quốc gia Úc có thể hoàn chỉnh khi chúng ta có một quốc kỳ với quốc kỳ của một quốc gia khác trên góc của nó.[87]

Tồn tại hai nhóm vận động liên quan đến tranh luận quốc kỳ: Ausflag (khoảng 1981) ủng hộ cải biến quốc kỳ,[88] và Hiệp hội Quốc kỳ Úc (ANFA) (khoảng 1983) muốn duy trì quốc kỳ hiện tại.[89] Những lập luận chủ yếu để giữ quốc kỳ dẫn về ưu tiên lịch sử, trong khi lập luận của phe muốn cải biến dựa quanh quan điểm rằng quốc kỳ hiện hành không miêu tả chính xác tình trạng của Úc là một quốc gia độc lập và đa văn hóa,[90] và thiết kế của nó cũng không độc nhất đủ để dễ dàng phân biệt với các quốc kỳ tương tự, như quốc kỳ New Zealand, Quần đảo Cook và Tuvalu. Sự tương đồng giữa quốc kỳ Úc và các quốc kỳ khác thường bắt nguồn từ một lịch sử thuộc địa chung.[91]

Chính phủ Liên minh dưới quyền John Howard vào năm 1996 chính thức công nhận lễ kỷ niệm ngày Quốc kỳ Úc, năm 1998 bảo trợ một tu chính Đạo luật các Hiệu kỳ nhằm yêu cầu bất kỳ cải biến đối với thiết kế quốc kỳ nào cần phải được thông qua một cuộc bỏ phiếu toàn dân, theo cách bỏ phiếu bầu quốc ca vào năm 1977.[92]

Chiến dịch vận động của Ausflag nhằm cải biến quốc kỳ gắn với các sự kiện quốc gia, như Thế vận hội Mùa hè 2000,[93] và tổ chức các cuộc thi thiết kế quốc kỳ,[88] trong khi các hoạt động của ANFA bao gồm xúc tiến quốc kỳ hiện tại thông qua các sự kiện như ngày Quốc kỳ.[94]